El martes 6 de abril de 2004 se anuncia que Pellegrini sería el entrenador del Villarreal para la temporada 2004-05. Ante él tenía casi un trimestre para analizar el funcionamiento interno del Villarreal.
En ese momento al Villarreal lo entrenaba Paquito, que había sustituido a Benito Floro, entrenador que presentó la dimisión tras considerar que la mayoría de los jugadores no daban todo lo que tenían.
Con Paquito, el Villarreal alcanzó las semifinales de la Copa de la UEFA, donde cayó ante el Valencia y estuvo a punto de clasificarse para la Copa de la UEFA, pero no pudo ser y el Villarreal jugó la Intertoto, así que el debut de Pellegrini sería en esta competición.
El sueño de unas noches de verano.
El Villarreal de Pellegrini comenzó a entrenar el 25-6-2004, para preparar la primera eliminatoria de la Intertoto ante el equipo danés del Odense.
En las primeras declaraciones de Pellegrini como entrenador del Villarreal dijo que le gustaba lo que veía, pero que le gustaría dotar al equipo de más agresividad.
La primera alineación de Pellegrini en campo del Odense fue:
El Villarreal ganó el partido 0-3, con goles de Sonny Anderson, Cazorla y José Mari.
Santi Cazorla sólo 6 días antes había jugado la promoción de ascenso a segunda B con el Villarreal B, perdiéndola ante el Badalona.
En la vuelta, el Villarreal ganó 2-0 al Odense con goles de José Mari y Héctor Font. La mala noticia de aquel partido fue que Calleja se lesionó de gravedad. El siguiente rival era el Spartak de Moscú. El primer partido se jugó en El Madrigal y el Villarreal ganó 1-0 con un gol de Sonny Anderson. Quien destacó por encima de todos esa noche fue Roger, que completaría una Intertoto fabulosa.
El equipo inicial ante el equipo ruso fue el mismo que contra el Odense, con la excepción de la entrada de Roger por Calleja.
En Moscú, el Villarreal empató 2-2, con goles de Sonny Anderson y Roger. Este empate le llevaba a las semifinales de la Intertoto que debería jugar ante el Hamburgo.
En el partido de ida ante el equipo alemán, el Villarreal ganó 1-0 con gol de Sonny Anderson, pero hubiera podido conseguir una renta más amplia.
En la vuelta, ante 35.000 espectadores, el Villarreal jugó un partido sensacional y ganó 0-1 con gol de José Mari. A lo largo de los 180 minutos de la eliminatoria, el Villarreal fue muy superior al Hamburgo y sólo le faltó gol para conseguir una victoria más importante.
En la final esperaba el Atlético de Madrid. Una final española por todo lo alto. En El Madrigal se jugaba el primer partido y volvió a ser brillante por parte del Villarreal, que presentó el siguiente 11 inicial.
El Villarreal ganó 2-0, con goles de Roger y Gonzalo. Una vez más se vio un equipo con personalidad, que efectuaba un juego vistoso.
En la vuelta, el Villarreal sufrió, el At. Madrid igualó la eliminatoria y todo se decidió desde el punto de penalti, donde emergió la figura de Pepe Reina, quien fue el héroe de este partido. El Villarreal ganaba la Intertoto y se clasificaba en la copa de la UEFA.
La Intertoto dio una muestra de lo que podía ser el Villarreal de Pellegrini. Un equipo competitivo a partir de un fútbol de combinación de alta escuela.
