El Villarreal se había clasificado de forma brillante en Europa , pero en los inicios de la liga nada iba a ser igual y eso que llegó Forlán para cerrar una gran plantilla.
El Villarreal empezaba en casa del campeón, el Valencia, y comenzó perdiendo por 2-1, con un gol de Forlán. Fue un partido donde el equipo amarillo le faltó un poco de suerte, ya que estrelló tres balones en los postes de la portería del Valencia.
El debut en casa en liga sería ante la Real Sociedad y el resultado fue de 0-0. Después de dos jornadas, el Villarreal tenía sólo 1 punto.
A continuación, el Villarreal debutaba en la Copa de la UEFA en campo del Hammarby y ganaba 1-2 con goles de Guayre y Gonzalo Rodríguez. pero en la siguiente visita en liga, en Santander, el Villarreal sufrió una nueva decepción, ya que empató un partido 1-1 que ganaba hasta el descuento por 0-1 con un gol de Sonny Anderson.
En la cuarta jornada, el Villarreal recibía al Sevilla. El partido terminó 0-0 y el titular del Mediterráneo no podía ser más claro:
Pellegrini “atasca” el juego del Submarino con su sistema.
El entrenador recibía las primeras críticas a sus ideas de que los interiores debían jugar hacia dentro y las bandas se ocuparan por sorpresa por parte de los laterales. Hasta el momento eso parecía que no funcionaba y olvidaban las buenas noches de fútbol de la Intertoto.
En la quinta jornada, el Villarreal visitaba al At. Madrid y perdió por 1-0. Las críticas sobre Pellegrini aumentaban. Después de 5 partidos en liga, el Villarreal no había ganado ninguna, había empatado 3 y perdido 2.
De nuevo un titular duro del Mediterréneo en la crónica:
Pellegrini se mantiene fiel a un sistema que no sabe ganar.
El lunes 27-9, la página inicial de deportes del Mediterráneo se titulaba:
Los pecados de Pellegrini.
Y enumeraban los 7 pecados.
1. Se mantiene fiel a un sistema de juego sin alternativas.
2. Es un técnico nuevo en el fútbol español y eso le pasa factura.
3. No ha corregido la debilidad defensiva en el juego aéreo.
4. La falta de rotaciones ha provocado muchas lesiones musculares.
5. No encuentra el camino del gol para un submarino sin pegada.
6. No lee bien los partidos cuando se ponen cuesta arriba.
7. Desconfianza en el vestuario por sus métodos de trabajo.
El Villarreal ganó los dos siguientes partidos contra el Hammarby, por 3-0 y contra el Zaragoza por 2-0. Poco a poco, de manera lenta el equipo encontró la manera de jugar que quería Pellegrini y la temporada acabaría siendo un éxito con el equipo clasificado por primera vez para la Champions League. Pellegrini nos dejó muchas enseñanzas, entre ellas, una que decía que las valoraciones se hacen al final de la liga.
A él, tanto medios de comunicación como aficionados lo valoraron mal muy pronto y se demostró que con paciencia se vio un gran fútbol en El Madrigal.
