Inmediatamente después del descenso ya se empieza a trabajar en el segundo ascenso del Villarreal a Primera. Fernando Roig en el vuelo de regreso desde Sevilla cita a Llaneza a primera hora de la mañana siguiente, el motivo: Empezar a preparar la plantilla y dar las primeras bajas cara a la próxima temporada en Segunda División. No seguirían Roberto, Alberto Saavedra, Imanol, García Sanjuan, Alfaro, Téllez, Albelda, Palop… Otros jugadores importantes se quedaron en el Villarreal para afrontar el reto del retorno a Primera, como es el caso del crack amarillo Gica Craioveanu, Pascual Donat, Moisés, Arregui, Gaitán…
El primer fichaje de la nueva era fue el carismático Jaime Ramos “Tarzán” se convertiría en poco tiempo gracias a su forma de ser y coraje en uno de los jugadores mas queridos por la afición. El entrenador elegido sería Joaquín Caparrós, que como luego os contaré, recogió una extraña reacción -tal vez un poco avivada por algunos medios- de una afición que pronto explotó, quizás por la tensión acumulada durante la temporada anterior. Durante el verano también llegarían futbolistas como Xavi Jimenez, Gracia, Libero Parri, Galván, Jorge López, Quique Medina (vuelve tras una cesión), Xavi Roca, López Vallejo…
La respuesta de la afición fue clave, la demanda de abonos para la nueva temporada en Segunda División es auténticamente de record en esta categoría para un equipo representativo de una población de -por entonces- menos de 50.000 habitantes, el Villarreal sitúa su numero de abonados en más de 10.000.


Ese mismo verano el Villarreal propone a la LFP un cambio de sistema de ascensos y descensos entre Primera y Segunda División, la propuesta es aceptada y desde entonces ascienden los tres primeros de Segunda, en lugar de ascender primero y segundo y jugar eliminatoria de promoción tercero y cuarto.
El Submarino Amarillo empieza su nueva singladura por Segunda División el 21 de Agosto de 1999 en Lleida, la afición, espléndida, viaja en masa para apoyar al equipo desde la primera jornada. El Villarreal logra un milagroso empate ya que en el minuto 80 perdía 2-0 y en 10 minutos Craioveanu y Gracia nivelaban marcador. En la segunda jornada nos visita el Salamanca, empate a cero, viajamos luego a Albacete y ganamos 0-2 con goles de Jorge López y Moisés. El Villarreal iba conjugando victorias fuera de casa con empates en el Madrigal, haciendo una especie de media inglesa inversa, todo esto se mantuvo hasta la jornada 6, en la que el equipo pierde 1-5 con el Eibar en el Madrigal y desde la grada se pidió el cese de Caparrós. No hubo que esperar mucho más, ya que en la jornada siguiente el entrenador era destituido en Elche, al perder el equipo 1-0. El Villarreal tras 7 jornadas estaba clasificado en la posición 13 de la tabla a seis puntos del ascenso, a cuatro del descenso y no conocía lo que era ganar en casa. La responsabilidad del equipo caería nuevamente sobre Paquito, que afrontaría el reto de enderezar el rumbo hacia el objetivo inicial de ascenso.
La primera victoria en el Madrigal llega en la jornada 8, teniendo como rival al Extremadura. Paquito hace debutar al vila-realense Carlos Isach que hace un buen partido, el resultado final 3-0 con goles de Gica y Moisés (2)

La temporada del Villarreal es muy irregular y aunque nunca se llega a perder la perspectiva del ascenso hay momentos de muchas dudas. El presidente sigue en sus trece, continúa apostando por el ascenso y se destapa con un fichaje de auténtico relumbrón: Diego Cagna. El argentino debuta en Las Palmas (2-1). También llegaría Denis Serban cedido del Valencia.

El 16 de Enero del 2000 empieza la segunda vuelta con una derrota 2-3 ante el Lleida, el Submarino es décimo a ocho puntos del ascenso y a seis del descenso. A partir de entonces el Villarreal mejora: 0-2 en Salamanca, 1-1 en Badajoz, y en el Madrigal 2-0 contra Albacete y 2-1 frente al Getafe. El equipo se vuelve a acercar a la zona de ascenso, pero sigue siendo irregular y pronto volverá a alternar derrotas con victorias. En la jornada 29 llega el punto de inflexión: El Villarreal pierde 4-1 en el campo del segundo clasificado Extremadura, Roig da un golpe encima de la mesa y ficha al central Berruet, el equipo estaba en octava posición a tres puntos del ascenso. Ya no se vuelve a perder ningún partido hasta la jornada 38, en la que se encajaría un 3-1 en El Sadar de Pamplona, entretanto el Villarreal empata en Valencia contra el Levante, gana en campos como el Molinón de Gijón (1-2) el Salto del Caballo de Toledo (1-3) ante más de 3.000 amarillos en las gradas, en el campo del Atlético “B” (1-4) con 2.500 aficionados desplazados…

En la jornada 40 el Villarreal da un paso decisivo en el Arcángel de Córdoba al vencer 2-4, partido que también desplazó a más de 2.500 amarillos que viajaron en tren. Este enfrentamiento fue determinante ya que dejaba al Villarreal dependiendo de si mismo. El Submarino se situaba segundo en la tabla a cinco puntos del Salamanca, Lleida y Extremadura que eran 4º,5º y 6º respectivamente, ganando en casa frente a Las Palmas seria matemáticamente equipo de Primera División.
El 28 de Mayo del 2000 sería la fecha decisiva, durante el transcurso de la semana se habían vendido las entradas a tan buen ritmo que se agotaron todas varios días antes del partido. Durante la previa grandes muestras de expectación e incluso euforia. El Villarreal dependía de si mismo, pero incluso no ganando podía ascender si los resultados acompañaban.

17.000 espectadores abarrotaron El Madrigal, en lo que hasta esa fecha se puede considerar una entrada histórica en Segunda División. El choque fue interesante mientras hubo partido, el Villarreal se adelantó gracias a un disparo desde fuera del área de Jorge López en el minuto 12. Las Palmas niveló la balanza en el minuto 65 gracias a un gol de Tevenet de penalti. Conforme se acercaba el final se veía más claro que el empate era suficiente ya que el Lleida perdía en Eibar 2-0, el Extremadura también perdía 1-0 ante el Mérida y con el Salamanca aunque iba ganando 1-3 el golaverage era favorable. A los canarios tampoco les entraron las prisas ya que con el empate eran campeones de forma matemática, por lo tanto el partido se convirtió en un “pasteleo” total hasta el final. Lo importante era el ascenso.
La gesta se vivió nuevamente con gran intensidad por las calles de la ciudad, pero de una forma más tranquila, ya había un precedente y esta vez si que nos creíamos todos que era posible ser de Primera División.

He montado este vídeo con los goles y momentos más espectaculares que he podido encontrar de esta temporada, espero que os guste:
Este es un buen reportaje de RTVV que resume un poco lo que fue la temporada de un ascenso, muy interesante:
En el siguiente vídeo se puede ver todo lo acontecido desde el pitido final en el Villarreal-Las Palmas, las repercusiones posteriores al partido, declaraciones de los protagonistas, los festejos del día siguiente por las calles de Vila-real, etc:
Jorge Llorens, SubmarinoAmarillo.net 2007